裁量労働形態が明確に1つの形態として独立して定義されたのが「フレックスタイム制」であった。1987年に政府は労働基準法（第32条の2項）を改定し、この改定にもとづいて労働省は労働基準局名通達で1988年から行政指導を開始した。労働省「賃金労働時同等総合実態調査」によると、正社員1000人以上雇用の大企業では、1988年の「フレックスタイム制」の導入率は6.2％であったが、3年後の1991年には30.8％、1995年には34.2％と急速な普及率で進んでいくようになった。フレックスタイム制とは、午前7時〜午後6時の11時間（昼の1時間は休憩時間）の間で8時間就労するということである。就労時間はコアタイム（全員が従来のように事業場で勤務しなければならない時間帯）、フレキシブルタイム（各自が勤務場所内外で自由に就労する時間帯）とに区分される。このように複雑になる労働時間の管理を徹底するために勤怠管理システムは欠かせないシステムなのである。